当前的学校教育，学生的科学知识是系统性的，各个学科、各个领域都有明显的分界线，相互间虽然有联系，但又相对独立。佛学的结构却不是这样，虽然也有人生观、宇宙观、认识论、伦理学的分别，但它们是高度统一的，浑然一体的。如“实相”,即“涅槃境界”，就是人生观、宇宙观、认识论、伦理学的高度统一，不可分离。要把佛学里的任何一支剥离出来，是绝对不可能的。因而，佛学研究中很难找到独立的、自成一脉的思路，浑然性是佛学思维模式的明显标志。佛法还有一个鲜明的特色,就是一多相即，相互涵摄，摄一切法归一法，以一法摄一切法，反应到佛子的修持上，也是一通则一切通。

人们对客观事物的认识，从科学角度说，是从感觉到表象，然后上升到概念(抽象)，最后纳入逻辑系统，是层层深入的，是可概括的，有章可循，有法可依。是从低层次到高层次，从简单系统到复杂系统，从形式逻辑到辩证逻辑，从相对真理步向绝对真理，是人类理性发展的结果，是知识系统逐渐完善的过程。

而佛学，不受时空限制，不受条件限制，甚至不受知识限制，佛法虽有自己的系统，但学习佛法的人都知道，佛法又要冲破这些系统，冲破一切羁绊，直捣本源，直开心性，直下承担：对事物的认识不能用一般的思维方式，而是在暝思静虑中，在清净无染中，在孤明的心的照映下开发潜能，悟得宇宙实相，现证真如。虽然人们常谓佛教徒也有修行过程，佛教哲学也有一定体系，有一定思辨方式，但这并不是本质，只是禅思体验的外化，是穷尽法性，了知究竟后的善巧方便。

正由于科学具有系统性，而系统总在科学的发展中不停地变化，因而科学永远是不完善的，无论科学的系统多么完善，无论这系统多么庞大，它也只能追求真理，逼近真理，而不能宣布“科学就是真理”。佛教却是“一步到位”的，佛的智慧(般若)就是直达宇宙实相的舟楫。

佛告诫众生，对事物的认识是统一的、浑然的、不可分割的，各事物圆融无碍，相辅相成，了无差别。对客观世界的认识是超越意识、超越时空、超越逻辑的整体把握，而不泥于个别事物的个别现象，因为万事万物都处在无常中，千变万化，来无影，去无踪，因缘和合而生，缘去则了散。把握整体，才能证悟实相，整个宇宙在眼中如其本然。从微小的基本粒子，从有机动植物到无机金石，都与自心相通，并且能窥见人眼不及的大千世界，进入绝对的自由。

科学既要综合，也要分割。各门科学之间、同一门科学的不同范畴之间虽有联系，但又是了了分明。即使小到一条虫，一块石,甚至小到分子原子，要研究它，仍得分割，哪怕是一个孤立的对象，也只有肢解它，才能研究它。例如要研究苍蝇等昆虫的复眼，就得把它取下来，还要经过多层剥裂，在显微镜下观察其构造，在化学反应中了解其成份，方能解释其功能，仿生学也才应运而生。要研究，就得支解，就意味着破坏，更意味着死亡。